Né à Los Angeles en 1969, Jonathan Stockhammer étudie le chinois et les sciences politiques avant de se lancer dans la composition et la direction d’orchestre. Ses diplômes en poche, il participe aux master classes de Jorma Panula, Myung-Whun Chung, Ilya Mussin et Peter Eötvös, et obtient des bourses de l’Accademia Chigiana de Sienne, de la Fondation Kirill Kondrachine et du Tanglewood Music Center (où il travaille avec Robert Spano et Seiji Ozawa).
En 1994, il fait ses débuts en remplaçant au pied levé un confrère à la tête du Los Angeles Philharmonic Orchestra. Esa-Pekka Salonen l’engage aussitôt comme assistant pour la tournée que l’orchestre effectue en Europe la même année, puis pour les saisons suivantes. Sa carrière est lancée, avec des invitations de l’Orchestre de la Radio des Pays-Bas, de l’Orchestre national de Lyon, de l’Orchestre national d’Île-de-France, de l’Orchestre de la Radio de Stuttgart, du DSO de Berlin, du Sydney Symphony Orchestra, de la MusikFabrik de Cologne, de l’ensemble Resonanz de Hambourg, de l’ensemble Recherche de Fribourg, du Sinfonietta d’Oslo… ainsi que de l’ensemble Modern de Francfort, avec lequel il entretient depuis une collaboration suivie. Avec lui, il a notamment enregistré Greggery Peccary & Other Persuasions de Frank Zappa, dans le prolongement de concerts en Allemagne et à Paris, et participé au concert-anniversaire du compositeur Heiner Goebbels à Francfort.
L’opéra occupe une place centrale dans les activités de Jonathan Stockhammer : Carmen à Fribourg, Die Dreigroschenoper à Wiesbaden, Die Fledermaus à Aix-la-Chapelle, Gianni Schicchi à Tanglewood, Trois Sœurs de Peter Eötvös à Lyon et aux Pays-Bas en 2002, Twice Through the Heart de Mark Anthony Turnage à Oslo, ainsi que les créations de Zerbrochene Bilder de Karl-Heinz Dittrich à Berlin et d’Interzone d’Enno Poppe à Oslo. Il a également dirigé la première française de Faustus, the Last Night à Lyon en mars 2006.
Parmi ses projets : Eine florentinische Tragödie de Zemlinsky, couplée avec Luci mie traditrici de Sciarrino à l’Opéra national de Lyon, en avril-mai 2007.